tcga 데이터 다운로드 - Este da vivere

데이터집합을 다운로드할 디렉터리를 지정하는 문자입니다. 그 후 12년 동안 TCGA는 2.5페타바이트 이상의 게놈, 후성 유전체학, 전사체 및 프로테오믹 데이터를 생성했습니다. 이미 암을 진단, 치료 및 예방하는 능력의 향상으로 이어진 데이터는 연구 커뮤니티의 모든 사람이 사용할 수 있도록 공개적으로 사용할 수 있습니다. TCGA 네트워크 연구원 및 공동 작업자가 개발한 데이터 처리, 시각화 및 기타 계산 도구 중 일부. http://gdac.broadinstitute.org/runs/ 다운로드할 데이터 집합 이름의 일부입니다. 기본적으로 병합된 임상 데이터 집합이 다운로드됩니다(값 데이터 집합 = `Merge_Clinical.Level_1`). 사용 가능한 데이터 집합의 이름은 checkTCGA 함수를 사용하여 확인할 수 있습니다. TCGABiolinks R 패키지를 사용하면 사용자가 GDC 포털에서 직접 원시 또는 점수가 매긴 데이터를 다운로드 할 수 있습니다. CGC를 사용하는 다운로드 연구원뿐만 아니라 레거시 TCGA 데이터는 모두 관련 임상 메타데이터에 의해 사례 및 데이터를 검색하고 시각적 사례 탐색기를 사용하여 특정 질병을 가진 모든 환자에서 유전자의 돌연변이 상태 및 발현 수준을 탐색할 수 있습니다. 그런 다음 이러한 환자와 관련된 모든 파일을 회수하고 메타데이터로 추가로 필터링하고 분석을 실행할 수 있습니다. 웹 기반 분석 및 시각화 도구와 함께 유전체 데이터 공용 데이터 포털을 통해 TCGA 데이터에 액세스할 수 있습니다. 암 유형의 구체적인 코호트의 출시 날짜의 지정된 날짜에서 TCGA 데이터를 다운로드 할 수 있습니다.

필요한 데이터 집합의 이름을 dataSet 매개 변수에 전달합니다. 기본적으로 병합된 임상 데이터집합은 릴리스의 최신 사용 가능한 날짜로부터 다운로드됩니다(값 데이터 집합 = `Merge_Clinical.Level_1`). TCGA 데이터 집합을 생성하는 데 사용되는 각 시퀀싱 플랫폼 및 기타 기술에 대한 설명 및 지원 자료입니다. 이 프로토콜은 R 프로그래밍 환경과 바이오컨덕터의 특수 패키지를 사용하여 RNA-seq 데이터를 처리하여 유전자 목록을 만듭니다. 스크립트는 다운로드할 수 있으며 초보 사용자는 명령을 복사하여 R 콘솔에 붙여넣을 수 있습니다. 프로토콜 1B에 대한 유전자 발현 데이터를 생성하기 위해 TCGABiolinks R 패키지를 사용하여 2017-06-14에 게놈 데이터 공용 (GDC) 포털을 통해 http://cancergenome.nih.gov 암 게놈 아틀라스 (TCGA)의 난소 장액 세포증 종 프로젝트에서 유전자 발현 데이터를 다운로드했습니다. 데이터 세트에는 RMA 정규화 마이크로어레이 데이터(Affymetrix HG-U133A)로 이용 가능한 544개의 샘플과 RNA-seq 데이터로 제공되는 309개의 샘플이 포함되며, MapSplice58을 사용하여 참조 게놈에 매핑된 판독값과 RSEM method59를 사용하여 결정된 전사체당 판독 카운트가 있습니다. RNA-seq 데이터는 데이터 집합에서 `RNA-Seq V2`로 표지되며, 자세한 내용은 https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/RNA-Seq+Version+2)을 참조하십시오. RNA-SeqV2 데이터 세트는 일반 RNA-seq와 유사한 원시 카운트로 구성되지만 RSEM 데이터는 edgeR 방법과 함께 사용될 수 있습니다. 논리 – 데이터세트 매개 변수를 일치하는 모든 데이터 집합을 다운로드하거나 첫 번째 데이터 집합만 다운로드해야 합니다(가능한 경우 FFPE 구없이). CGC를 통해 연구원들은 전체 게놈, 전체 엑솜, RNA, 마이크로RNA, 바이술핏 시퀀싱 및 어레이 기반 연구를 포함한 클라우드의 공공 데이터에 즉시 안전하게 액세스할 수 있습니다. 오픈 액세스 및 제어 액세스 데이터를 모두 사용할 수 있습니다.

CGC는 암 유전체학 연구를 민주화합니다. 인터넷 연결이 있는 과학자들은 대규모 암 데이터 세트를 조작하고 계산하여 연구를 진행할 수 있습니다. 스토리지 및 계산을 위해 서버를 프로비저닝, 설정 및 유지 관리할 필요가 없으며 데이터가 다운로드될 때까지 시간을 기다리지 않아도 됩니다.